Paquetes

Se pueden instalar las dependencias también - install.packages("pkg", dependencies=TRUE). A veces hay dependencias del sistema que también hay que instalar.

`install.packages("pkg")`	instala un paquete
`remove.packages("pkg")`	desinstala un paquete
`old.packages("pkg")`	comprueba la versión del paquete
`update.packages()`	actualiza todos los paquetes (o el definido)
`sessionInfo()`	devuelve la versión de R y los paquetes cargados
`.libPaths()`	devuelve la localización de los paquetes en el sistema
`library()`	devuelve los paquetes instalados en RStudio
`library("pkg")`	añade `pkg` al ambiente
`detach("package:pkg", unload = TRUE)`	elimina el paquete del ambiente
`search()`	lista los paquetes cargados y archivos del ambiente

Repositorios

Para descargar paquetes de un repositorio, se puede utilizar

install.packages() con el argumento repos=https://cran.rediris.es/ (o el correspondiente)
source(), definiendo en su interior el URL:

> source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
> biocLite(c("GenomicFeatures", "AnnotationBi" ))

Instalar automáticamente paquetes requeridos

if (!requireNamespace("package_name", quietly = TRUE))
install.packages("package_name")

En este ejemplo se instala un paquete a través de otro:

if (!requireNamespace("GenomicFeatures", quietly = TRUE)) {

  if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) {
    install.packages("BiocManager")
  }

BiocManager::install("GenomicFeatures")
}